Desventajas:
Riesgo en primeras experiencias: Si los participantes (tanto alumnos como maestros) no han tenido experiencias previas de aprendizaje colaborativo, las primeras prácticas de AC con las que se encuentren, les pueden resultar difíciles, debido a la exigencia de romper con hábitos adquiridos durantes años de trabajo individual y a la necesaria adquisición de nuevas técnicas de aprendizaje. De tal suerte que estas primeras iniciativas son críticas, ya que si el estudiante pasa por una mala experiencia (equipos de trabajo poco integrados, falta de coordinación, exclusión de participantes, mala planeación por parte del instructor, etc.), podría crearse una mala percepción sobre la naturaleza del aprendizaje colaborativo.
Curva de aprendizaje variable de aplicaciones colaborativa:Actualmente, muchas de las iniciativas de aprendizaje colaborativo requieren de una o varias herramientas informáticas (frecuentemente con capacidades de trabajo a distancia, ya sea síncrona o asíncronamente) para su implementación. Aunque la facilidad de uso suele ser un objetivo primario de las aplicaciones orientas al trabajo colaborativo, necesariamente existe una curva de aprendizaje por parte de los participantes, la cual es variable, y está en función del "conocimiento informático" previo. De manera que esta curva puede resultar muy pronunciada si el alumno no ha usado antes una computadora, o si la ha usado para tareas muy básicas. Tal factor debe ser tomado en cuenta por el instructor, de lo contrario, una práctica o ejercicio colaborativo bien intencionado podría no alcanzar los objetivos deseados (o desviarse de los planteados originalmente). Lo anterior también implica que una iniciativa que haya tenido éxito bajo ciertas circunstancias, podría no tenerlo en otras, menos favorables.
Dependencia de la infraestructura computacional. Por otro lado, se parte del hecho de que la tecnología no es perfecta, sobre todo cuando hablamos de aplicaciones que trabajan sobre redes. En este sentido, se deben tomar en cuenta aspectos técnicos (generalmente no relacionados con el tema de aprendizaje) tales como la disponibilidad de acceso a Internet de los participantes, capacidad de procesamiento de servidores, ancho de banda, capacidad y disponibilidad de las computadoras de escritorio, disponibilidad del personal de soporte técnico de redes y sistemas operativos, entre otros. Por tanto, las iniciativas de AC tienen una estrecha dependencia de la infraestructura tecnológica.
Riesgo de una percepción de informalidad: Dado que el aprendizaje colaborativo tiene una fuerte dosis de "socialización" y a que son comunes los esquemas no presenciales, o asíncronos, el participante puede tener la percepción de que el trabajo no requiere de la participación y compromiso propios de una asignatura tradicional.
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